Viên đá Master Emerald lại một lần nữa bị đánh cắp!! Knuckles đã bị đánh bại bởi một kẻ xâm nhập tự xưng là Haria, kẻ sở hữu ngoại hình kỳ lạ sử dụng thuần thục năng lượng Chaos. Sau khi đánh bại Knuckles, Haria đã độc chiếm hòn đảo Angel và dùng nó cho mục đích riêng của mình. Trong lúc tìm cách lấy lại viên đá Master Emerald, Sonic cùng Tails và Knuckles đã vô tình phát hiện ra thân phận cũng như quá khứ của Haria. Cuộc phiêu lưu mới của nhóm Sonic bắt đầu!