Sóng ở đáy sông là một câu chuyện dài về cuộc đời của những con người trong một gia đình tiểu tư sản thành thị ở mảnh đất Sáu kho trước năm năm tư thế kỉ hai mươi. Núi - nhân vật chính của tác phẩm - vốn là con của bà vợ lẽ kiêm người ở, từ nhỏ đã phải chịu nhiều cay đắng bởi sự phân biệt hắt hủi của chính cha ruột - ông Đại. Khi Núi bước vào tuổi thiếu niên thì mẹ mất, bị bố bỏ rơi. Ở nơi sơ tán thiếu thốn, Núi phải lăn lộn vào đời để kiếm miếng ăn nuôi các em và bắt đầu trượt dài vào vòng xoáy tội lỗi. Con đường tha hóa của Núi ghi dấu những người đàn bà đi qua đời anh: Hiền, Mây, Hồng. Sau rất nhiều lần vào tù ra tội, nhờ sự cảm hóa của những cán bộ quản giáo và tình yêu chân thật từ Hồng, cuối cùng Núi đã trở thành một công dân có ích cho xã hội.